La structure interne de Jupiter demeure mal contrainte. La planète est formée essentiellement d'hydrogène et d'hélium, mais elle pourrait contenir entre 10 et 40 masses terrestres d'éléments lourds (autres que H-He). Cette incertitude pèse sur notre compréhension de la formation du Système Solaire. La mission Juno va apporter des contraintes nouvelles à la fois sur le champ de gravité et l'abondance profonde d'eau et permettra d'affiner notre connaissance de l'intérieur de cette planète. Par ailleurs la récente confirmation de la détection d'oscillations propres de la planète fournit des possibilités immenses pour l'étude de l'intérieur de cette planète dans le futur, notamment avec l'instrument DSI (Doppler Spectro Imager) sur la mission EJSM de l'ESA.